ראשיתו של המיזם ביד בן־צבי בראשית שנות ה־2000. בארכיון ה'יד' נאספו ונשמרו במשך שנים אוספים מגוונים. מקצתם היו קשורים למסלול חייהם של הזוג בן־צבי ולבית הנשיא ואחרים נתרמו על ידי אנשים או מוסדות באופן אקראי. במסגרת הסדרת הארכיון הועברו אוספי המסמכים לגנזך המדינה, וביד בן-צבי נפלה החלטה להתמקד בארכיון התמונות ולהרחיב את אוספיו.
בעוד שהמחקר ההיסטורי הולך ומתרחב למגוון תחומים וסיפֵרים (נרטיבים), המשיכו התצלומים הרשמיים לייצג את התפיסות ההיסטוריות המסורתיות והמוכרות. ההיסטוריונים ואנשי ההוצאה לאור ביד בן-צבי הגיעו לידי הבנה שלדימוי החזותי יש משמעות כשפה וכטקסט. הצורך לרענן את נקודות המבט הביא ללימוד, לחיפוש ולאיתור של מקורות חזותיים שנחבאו עד אותה עת בארכיונים הביתיים ובאלבומים הפרטיים.
המהפכה הדיגטילית שאפשרה לסרוק את התצלומים למאגרי מידע היסטוריים ללא צורך להוציאם מידי בעליהם פתחה בפנינו עולמות ידע בלתי נדלים. אוספי תמונות החלו לזרום מהתיישבות העובדת ומבתי משפחות ירושלמיות. רבבות התצלומים שנאספו משרטטים את נתיבי המשפחות מהמאה ה-19 ועד היום.
בשנת יובל המאה לתל אביב נוצרה הזדמנות להרחיב את המיזם ולמסדו. התקיים מיזם ראשוני ליצירת מאגר חזותי ומקומי יחידאי מאלבומים פרטיים. מיזם 'העיר הנגלית לעין' כלל תושבים־מתנדבים שעברו הכשרה והחלו בפעולות לאיתור, לתיעוד ולגיבוי בסריקה של תמונות מאלבומי משפחות בקהילתם. בשנת 2011 התרחב המיזם ל'ישראל נגלית לעין' במסגרת תכנית 'העצמת המורשת הלאומית' והתקיים במהלך שנת פיילוט בארבע ערי פיתוח בישראל. בספטמבר 2012 הושק אתר האינטרנט שמשמש מרכז תיעוד פעיל וייחודי לתיעוד האלבומים.
בשלב השני של המיזם, כאשר החלו להירקם מערכי התיעוד בקרב הקהילה, הורחבה גם היריעה בטווח התיעוד, והיא עסקה לא רק בתולדות היישוב ובמה שהתרחש בתחומיו אלא גם בניסיון להקיף את מלוא הקשת הרב תרבותיות של החברה הישראלית
צוות ישראל נגלית לעין משקיע מאמצים רבים בבירור מצב זכויות היוצרים ותנאי השימוש בפריטי האוספים ומספק את המידע על פי הנתונים העומדים לרשותו. בזכות מערכות שיתוף המידע אפשר להעמיק לחקור ולעדכן את מוצא התמונות ויוצריהן.
